《融合》是《银河战士》系列时间线上的正统续作，即第四代，故事情节承接《超级银河战士》，萨姆丝再次被银河联邦派到SR388协助进行科学考察研究，然而自从上次来到这里后SR388似乎发生了某些变化……考察中萨姆丝遇到了一种从未见过的奇异生物--神秘的原生态病毒寄生体X，在萨姆丝没有察觉的时候悄悄地附在了她身上。返回科空间研究站途中萨姆丝身上感染的X开始发作，使她失去了意识，飞船失去控制。所幸在飞船撞毁前自动救生系统把座舱弹射了出来，银河联邦的医疗组救下了萨姆丝。在抢救过程中发现X已经大面积地侵蚀她的能量装甲和身体，迫不得已进行手术剥离她被感染的装甲，而对侵入神经系统的X则只能用Metroid疫苗来消灭。联想到在ZEBES的经历，萨姆丝意识到，她被Metroid救了两次。